玉皇阁位于灵官殿正后方，是巍宝山规模最大的现存古道观，主祀玉皇大帝。

　　玉皇阁始建于明代，原址在由此继续上山约咖米处的三皇殿左下方，后因殿宇倾塌，在清乾隆十三年(1748年)重建时，考虑到原址取水不便，移址到这里。

　　玉皇阁为四层三院建筑，整个建筑的布局依山势层层而上。入山门后，攀石阶穿过庭院至上一层建筑，再进入，再攀石阶穿过庭院再上一层建筑，如此，至塑奉玉皇大帝的“通明天宫”，绕至“通明天宫”后再攀石阶，可人最高一层建筑“弥罗上宫”(圣父圣母殿)。

　　玉皇阁最可赏看的，就是建筑的巧依山势，使此道观虽大却仍然显出精巧。

　　玉皇阁另一个不应遗落欣赏的文物式景观是“水火匡廓图”，这是玉皇阁正殿“通明天宫”天花板上的一  幅清代壁画。

　　在玉皇大帝塑像的正方屋顶，有10幅绘于清代的彩色壁画，10幅壁画前后排列为两排，其中9幅绘的是形态各异的彩龙图，称之为“九龙图”。余下另一幅居于前排五幅壁画的正中，它运用黑白两种颜色，以宽线和细线条交错合半绘画，是一个既不同于八卦图，也不是太极图，但却相似的图案符号，这就是“水火匡廓图”。它源于后汉魏伯阳所著的《周易参同契》，是道士们修炼长生不老仙丹的药方示意图。后来产生的太极图，就是在“水火匡廓图”和“三五至精图”的基础上合成的。唐代青城山的道教天师派哲学家彭晓尝注《参同契》时，曾把“水火匡廓图”释为“明镜图”。

　　“明镜图”是四川青城山道教天师派的特有符号，它在巍宝山的存在，说明了巍宝山与青城山在道教文化上有密切的渊源，这是研究中国西南地区道教文化史的重要文物。

　　普通游客的我们，虽不考察文化史，但能识别“明镜图”，再联系“太极图”，却是一种很有意义的旅游收获。