巍山是云南设治最早的郡县之一。汉代，这里是当时云南一郡六县的邪龙县中心地区。

　　唐初，云南西部六诏(“诏”为氏羌语，意为“王”)兴起，今天巍山县北部地区是蒙诏之地，南部地区是蒙舍诏之地。蒙舍诏主细奴逻是一个雄才大略的部落首领，在他的治理下，蒙舍诏很快成为六诏中最强大的大诏，因其在六诏之南，也称为南诏。细奴逻之子逻盛、之孙盛逻皮、之重孙皮逻阁，沿继勤耕励治的强国政策，积极争取唐王朝支持，终于在公元738年，皮逻阁用武力灭了其他五诏及洱海周围的河蛮村社，之后又灭滇东的爨国，建立起版图大大超过今天云南省全境的南诏国。约近百年时间，南诏四代君王在巍山经营，巍山是南诏国的发祥地和开国都城。今天巍山地区的彝民仍把细奴逻认做南诏之祖，尊称他为“土主”并塑像崇拜。

　　南诏国传位13代，历时254年，几乎与唐朝相始终。这一时期，巍山地区先后被称为蒙舍和阳瓜州，南诏王的王姓为蒙，蒙舍的称谓可能与此有关；南北纵贯巍山坝的红河上游，古时称为阳瓜江，阳瓜州之名就因此而来。

　　宋代，大理国取代南诏国后，巍山仍是大理国除国除外地位最显著的郡县之一，由皇族段氏世袭管理。这时巍山称阳瓜郡。元朝灭了金、夏、吐蕃、大理、宋之后，统一全国，把巍山地区改名为蒙化，设蒙化府，此后近700年，巍山被称为蒙化。

　　元明清时期，中原封建王朝为加强对边疆少数民族地区的统治，把当地少数民族中有势力的首领封为土官(土司)，利用他的势力来管理这一地区，这就是中国历史上“以土人治土人”的“羁摩”政策。从元末到清代，云南当时有“名响天下”的三大土司势力：一是滇西北纳西族木氏土司，一是滇南傣族刀氏土司，另一个就是滇西巍山地区的彝族左氏土司。南诏亡国后，南诏王姓蒙氏被迫改为左、茶、字三大姓支，左氏土司便是南诏王族的支系。从元末明初开始，左氏又重新得到中央王朝的扶持，世袭统治蒙化府达五百余年。其间在清乾隆年间，巍山被御封为“文献名邦”，为当时云南仅有的四个御封“文献名邦”之一。

　　民国时期，巍山是云南省政府第五区行政公员公署治所，辖管8个县和1个设治局。

　　新中国建立后，1950年，巍山设为蒙化县，归属大理州管辖。至此，巍山在滇西特殊的政治、文化中心地位，才完全被大理所取代。

　　1954年，蒙化县改名为巍山县，因境内著名的中国道教名山巍宝山得名；1956年成立巍山彝族回族自治县；1985年，巍山被列为国家级风景名胜区；1987年，列为云南省级历史文化名城；1992年批准为国家森林公园；1994年列为国家级历史文化名城。